わがサーバマシンは古いのでapm関連のお話になります。
$ sudo aptitude install apmd
$ sudo vi /etc/modules
apm
上記の行を追加
上記の事をやると無事電源が切れるようになりました。
経緯は以下の通りです。
$ lsmod
lsmodの結果にapmが含まれていなかったので、apmのモジュールを追加
$ sudo modprobe apm
とりあえずこれで電源きれるようになったので、ああapmモジュールが追加されていないからかと判断できたのでありました。